近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所雞遺傳育種團(tuán)隊(duì)，在對(duì)中外雞種全基因組重測(cè)序的基礎(chǔ)上，整合對(duì)重要經(jīng)濟(jì)性狀功能基因的顯著位點(diǎn)，開(kāi)展了自主芯片設(shè)計(jì)，研制出我國(guó)首款雞55KSNP芯片。
近年來(lái)，隨著分子標(biāo)記檢測(cè)技術(shù)不斷發(fā)展，分子育種進(jìn)入了全基因組選擇時(shí)代。相對(duì)于傳統(tǒng)育種手段，全基因組選擇具有育種值估計(jì)準(zhǔn)確率高、有效提高育種工作效率等優(yōu)點(diǎn)，已應(yīng)用于奶牛、生豬的品系選育中。而與牛和豬比較,全基因組選擇在家禽育種方面的研究和應(yīng)用則相對(duì)較少。
記者了解到，用于雞全基因選擇的商業(yè)化芯片價(jià)格昂貴，國(guó)外芯片單個(gè)樣本的價(jià)格需要1200元～1500元，而開(kāi)展一次研究需要的樣本數(shù)就要千余個(gè)。北京畜牧獸醫(yī)研究所雞遺傳育種團(tuán)隊(duì)趙桂蘋(píng)研究員告訴記者，國(guó)外商品化芯片的位點(diǎn)信息多來(lái)源于國(guó)外商業(yè)蛋雞和肉雞品種，如600KSNP芯片，有60萬(wàn)個(gè)位點(diǎn)，但并不完全適用于我國(guó)國(guó)內(nèi)品種育種使用。
針對(duì)這一需求，雞遺傳育種團(tuán)隊(duì)二十余人經(jīng)過(guò)大量調(diào)研、搜集，從2014年開(kāi)始做技術(shù)性研究，測(cè)序、找位點(diǎn)，最終確定了5萬(wàn)多個(gè)位點(diǎn)。“盡管位點(diǎn)數(shù)量不算特別多，但優(yōu)勢(shì)顯著?！壁w桂蘋(píng)告訴記者，該團(tuán)隊(duì)研發(fā)的芯片，具有三大特點(diǎn)：一是具有多品種通用性。對(duì)比篩選了我國(guó)代表性的地方雞種、國(guó)內(nèi)外高度選育商用雞種的特征位點(diǎn)，并用國(guó)外600KSNP芯片作為填充，確保位點(diǎn)信息的廣譜性和有效性。二是具有經(jīng)濟(jì)性狀的功能相關(guān)性。篩選了與飼料報(bào)酬、產(chǎn)肉率、脂代謝、肉品質(zhì)、一般抗病力、繁殖等性狀基因顯著的位點(diǎn)14K，大幅增加了芯片的實(shí)用性。三是位點(diǎn)分布均勻、通量適中。55KSNP芯片位點(diǎn)在全基因組均勻分布，保證了育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性。與600KSNP芯片相比，通量適中，價(jià)格大幅降低，一個(gè)樣本不到700元，具有較高的性價(jià)比。
55KSNP芯片的開(kāi)發(fā)，填補(bǔ)了我國(guó)雞全基因選擇的商業(yè)化芯片的空白，不僅用于國(guó)內(nèi)肉雞、蛋雞的育種，還可用于地方品種資源的評(píng)價(jià)、功能基因鑒定等研究中，應(yīng)用前景廣闊。據(jù)了解，雞遺傳育種團(tuán)隊(duì)將全面開(kāi)展芯片應(yīng)用效果評(píng)估，并建立我國(guó)肉雞全基因組選擇的分析平臺(tái)，為國(guó)產(chǎn)化肉雞品種選育提供技術(shù)支撐。
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