由中國農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院劉劍鋒教授團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)研制的新款豬55KSNP芯片已于4月底投入生產(chǎn)。該款芯片是在中外豬種全基因組重測序、多組織轉(zhuǎn)錄組和蛋白組圖譜構(gòu)建的基礎(chǔ)上，整合現(xiàn)有重要經(jīng)濟(jì)功能基因的公開報(bào)道的候選位點(diǎn)，并加入72個(gè)我國部分地方豬種特有SNP，綜合優(yōu)化研制而成(命名為55KCAU-Porcine)。

我國作為養(yǎng)豬大國，持續(xù)、高效開展生豬遺傳改良十分迫切。利用全基因組選擇、實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)群體遺傳關(guān)聯(lián)的評(píng)估、組織區(qū)域性乃至全國聯(lián)合遺傳評(píng)估，是加速我國豬育種效率、自主培育優(yōu)良品種的有效途徑。目前，國內(nèi)外市場上常用的豬育種芯片為60KSNP芯片，有6萬個(gè)位點(diǎn)，但是位點(diǎn)在染色體的分布均勻性不高，約10K位點(diǎn)位置不詳。劉劍鋒介紹，該團(tuán)隊(duì)在多品種測序的基礎(chǔ)上，經(jīng)過大量位點(diǎn)信息的搜集，整合，經(jīng)過一年多的系統(tǒng)分析，最終設(shè)計(jì)確定5萬多個(gè)位點(diǎn)用于新的芯片定制。新研發(fā)的芯片主要有三個(gè)優(yōu)點(diǎn)：一是具有經(jīng)濟(jì)性狀的功能相關(guān)性。芯片搜集并確定了10K與豬生長性狀、繁殖性狀及健康性狀等相關(guān)的顯著位點(diǎn)，實(shí)用性更高;二是位點(diǎn)分布均勻，多態(tài)性好。芯片的位點(diǎn)在全基因組分布均勻，提高了捕捉基因組潛在功能變異的功效，而且在篩選位點(diǎn)時(shí)使用該團(tuán)隊(duì)的重測序數(shù)據(jù)，保證了所選位點(diǎn)有較高的多態(tài)性;三是具有特異性。

不僅對(duì)比篩選我國代表性的地方豬種、國內(nèi)外高度選育商用豬種的特征位點(diǎn)，還特別加入了72個(gè)國內(nèi)部分地方特有的SNP位點(diǎn)。

據(jù)悉，這款55KSNP芯片的開發(fā)，不僅適用于我國豬的育種、品種鑒定、地方品種資源的評(píng)價(jià)、功能基因鑒定等研究，同時(shí)維持了低成本的芯片檢測成本，預(yù)計(jì)出售價(jià)格約為主流60KSNP芯片的一半，應(yīng)用前景廣闊。目前該團(tuán)隊(duì)將全面開展芯片的應(yīng)用效果評(píng)估，同時(shí)與深圳市金新農(nóng)科技股份有限公司合作開發(fā)豬基因組選擇的聯(lián)合評(píng)估系統(tǒng)，并在6家生豬國家核心育種場實(shí)施基于基因組選擇策略的區(qū)域性聯(lián)合育種。